В целях оптимизации структуры федеральных органов исполнительной власти, в соответствии со статьёй 112 Конституции и Федеральным конституционным законом от 17 декабря 1997 года №2-ФКЗ «О Правительстве Российской Федерации», Президент своим Указом упразднил Федеральное агентство по управлению особыми экономическими зонами. Тем же Указом функции упраздняемого Федерального агентства по управлению особыми экономическими зонами переданы Министерству экономического развития.
Согласно документу, Минэкономразвития является правопреемником Федерального агентства по управлению особыми экономическими зонами, в том числе по обязательствам, возникшим в результате исполнения судебных решений.
Признаётся утратившим силу Указ Президента от 22 июля 2005 года №855 «О Федеральном агентстве по управлению особыми экономическими зонами» (Собрание законодательства Российской Федерации, 2005, №30, ст.3136).