Подворье Русской православной церкви в городе Бари у мощей святителя Николая (храм святителя и чудотворца Николая и странноприимный дом) было возведено в 1913–1917гг. на народные средства по проекту архитектора А.В.Щусева для окормления многочисленных русских паломников и православных верующих в Италии.
В конце XIX – начале ХХ века в связи с возникшими трудностями пребывания в Бари православных паломников руководство Императорского православного палестинского общества (ИППО) приняло решение о строительстве в этом месте странноприимного дома. В феврале 1911г. был приобретен участок земли площадью 1,2 га для постройки храма во имя святителя Николая и дома паломника. Закладка первого камня состоялась 9 мая (22 мая) 1913г., и к концу 1917г. строительство дома паломника было в целом завершено.
Проект строительства был утвержден императором Николаем II, который, еще будучи цесаревичем, в 1892г. посетил Бари и базилику св.Николая. Строительные работы осуществлялись под наблюдением ИППО. Строительный комитет номинально возглавляла великая княгиня Елизавета Федоровна, курировал проект товарищ оберпрокурора Синода князь Н.Д.Жевахов. Возведение русского православного храма во «граде Барском» было с ликованием встречено всеми верующими Русской православной церкви.
После октября 1917г. и последующей за ним Гражданской войны подворье было заброшено, немногочисленные его насельники не имели достаточных средств для поддержания его в должном состоянии. Кроме того, возобновленное в СССР Палестинское общество в 20–30гг. прошлого века заявило о своих правах на барийскую недвижимость и через суд добивалось удовлетворения своих требований. Князь Жевахов, проживавший в то время в помещениях подворья, проиграл судебную тяжбу, но задним числом оформил передачу всей недвижимости городским властям Бари.
С 1936г. единственным собственником русской недвижимости в Бари является муниципалитет. В договоре, однако, закреплено положение о том, что храм может быть использован православной церковью только в культовых целях.
В 30-х – начале 40-х гг. ХХ века храм номинально находился в ведении Синода Русской зарубежной церкви.
С 1946 по 1969г. подворье находилось под юрисдикцией западноевропейского экзархата (т. н. парижская юрисдикция).
В 1969–1998 гг. подворье вновь оказалось под юрисдикцией Зарубежной церкви.
В середине 90-х годов Русская православная церковь в связи с многократно возросшим потоком паломников из России и других стран СНГ в Бари к мощам святителя Николая обратилась к властям города с просьбой передать Московскому патриархату верхний храм подворья и часть помещений странноприимного дома для организации представительства Русской православной церкви и паломнического центра. В результате переговоров 23 ноября 1998г. в Москве священноначалием Русской православной церкви и мэром Бари был подписан договор о передаче верхнего храма и некоторых других помещений подворья в постоянное пользование Московскому патриархату (всего около 1200 кв.м). В декабре 1998 года определением Священного Синода Русской православной церкви настоятелем подворья был назначен священник Владимир Кучумов.
В апреле 2001г. в Москве в Отделе внешних церковных сношений были подписаны поправки к договору 1998г., в соответствии с которыми подворью передается ряд новых помещений в бывшем доме паломника. В ноябре 2001г. мэрия Бари ратифицировала оба договора, и дополнительные помещения были немедленно переданы подворью.
В настоящее время комплекс (около 8 тыс. кв.м) является собственностью города. В нем расположены помещения подворья Московского патриархата (верхний главный храм св.Николая с жилыми и подсобными помещениями, комнаты и залы в доме паломника – на основании договора о безвозмездном пользовании, Зарубежной церкви (нижний храм св.Спиридона (крипта – бывшая ризница) с жилой комнатой и два домика в саду на основании договора князя Н.Д.Жевахова с мэрией Бари от 1936–1937гг.), а также городские офисы в бывшем доме паломника (районная управа, паспортный стол, социальный центр и детский сад).
В настоящее время вопрос о формах возможной передачи российской стороне подворья включен в повестку дня российско-итальянского диалога на высшем уровне.