Основателем и первым строителем Новоиерусалимского монастыря был патриарх Никон. Цель его была ознакомить русских верующих, не имеющих возможности самим побывать в Иерусалиме, со священными местами воскресения и погребения Христова. Выбрав красивое место, напоминающее местность палестинскую, и получив разрешение от царя, патриарх Никон посылает ученого иеромонаха Троице-Сергиевой лавры Арсения Суханова в Иерусалим, чтобы привезти оттуда чертежи и планы для Воскресенского собора.
Воздвигнутый собор стал единственным точным воспроизведением храма Гроба Господня в Иерусалиме. В храме Воскресения Христова помещалась чудотворная икона Божией Матери «Троеручица».
Церковь Рождества Христова в трапезных палатах Новоиерусалимского монастыря была сооружена одновременно с самими тремя обширными палатами в 1686–1692гг. Этот храм был создан по образу вифлеемской базилики, построенной святой равноапостольной царицей Еленой в IV веке.
Рождественская трапезная церковь была сделана двухэтажной, вторым этажом она сообщалась с палатами. Архитектура ее типична для конца XVII века – в стиле московского барокко. Нижний этаж – «теплая» церковь – изначально был окружен открытой папертью, в XVIII веке замененной на сохранившуюся до наших дней аркаду, украшенную классицистическим рустом и пилястрами. Верхняя, «летняя», церковь – в два яруса окон, перекрыта сомкнутым сводом, на который поставлены два восьмерика с главкой. Весь декор храма: наличники, колонки на апсиде, восьмерики под главкой – выполнен в стиле московского барокко. Так же украшена не только церковь, но и все трапезные палаты.
В 1792г., через сто лет после постройки, трапезные палаты сильно пострадали от пожара. Выгорели все палаты, но часть церковной утвари удалось спасти. После ремонта, в 1810г., в верхней части Рождественской церкви сделали деревянный потолок, опирающийся на два кирпичных столпа. Это сильно уменьшило пространство большого барочного храма и сделало его намного темнее. Поэтому уже в 1850-х гг. это «новшество» убрали и провели реставрацию под руководством архитектора К.А.Тона.
Роскошный тябловый иконостас Рождественской церкви был сожжен в 1922г. В помещениях храма разместились музейные экспозиции. Во время колоссального разрушения монастыря фашистами в 1941г. Рождественская церковь почти не пострадала, и при реставрации был восстановлен изначальный облик внутреннего вида церкви и трапезных палат.
В 1995г. церковь Рождества Христова была передана вновь образованной монастырской братии; в 1996г. в ней начались восстановительные работы, а в 1997г. церковь заново освятили.