Федеральный закон в прежней редакции (Федеральный закон «О внесении изменений в Закон Российской Федерации «О милиции») был отклонен Президентом Российской Федерации 5 апреля 2006 года, в связи с тем что не соответствовал статье 32 Федерального конституционного закона «О Правительстве Российской Федерации», согласно которой Президент Российской Федерации руководит деятельностью Министерства внутренних дел Российской Федерации и, соответственно, должен определять порядок назначения на должности в системе Министерства и освобождения от этих должностей.
В Федеральном законе замечание Президента Российской Федерации устранено. Так, статья 7 Закона Российской Федерации «О милиции» излагается в новой редакции, которой в том числе предусматривается, что назначение на должности в системе Министерства внутренних дел Российской Федерации, замещение которых предусмотрено лицами высшего начальствующего состава органов внутренних дел Российской Федерации, и освобождение от этих должностей осуществляется Президентом Российской Федерации.
Федеральный закон также дополняет Закон Российской Федерации «О милиции» нормой, определяющей порядок утверждения положений о министерствах внутренних дел, управлениях (главных управлениях) внутренних дел по субъектам Российской Федерации и наделяющей Министра внутренних дел Российской Федерации правом утверждать указанные положения, а также правом определять порядок утверждения положений об иных органах внутренних дел Российской Федерации.