Водным кодексом Российской Федерации устанавливаются правовые основы использования и охраны водных объектов. Предусматривается сохранение в федеральной собственности всех естественных водных объектов (рек, озер и так далее), а также таких искусственных водных объектов, как водохранилища и каналы.
Водным кодексом Российской Федерации определяются полномочия Российской Федерации, субъектов Российской Федерации и муниципальных образований в области использования и охраны водных объектов. Регулируется вопрос о передаче осуществления части полномочий органам исполнительной власти субъектов Российской Федерации за счет субвенций из федерального бюджета.
Кроме того, Водным кодексом Российской Федерации устанавливается порядок предоставления водных объектов или их частей в пользование на основании договоров водопользования или решений о предоставлении водных объектов в пользование. По договорам водные объекты должны предоставляться в пользование за плату, а по решениям – бесплатно.
Значительная часть Водного кодекса Российской Федерации посвящена вопросам управления в области использования и охраны водных объектов. Такое управление предписывается осуществлять на основе бассейнового принципа. С этой целью выделяются 20 бассейновых округов, а также определяются речные бассейны, подбассейны и водохозяйственные участки. Особое внимание уделено планированию использования и охраны водных объектов, которое должно осуществляться в каждом бассейновом округе в соответствии со схемами комплексного использования и охраны водных объектов.
В Водном кодексе Российской Федерации содержатся нормы, касающиеся рационального использования и охраны водных ресурсов, дна и берегов водных объектов. В частности, определяются размеры и правовой режим водоохранных зон.