Федеральный закон направлен на исполнение поручения Президента Российской Федерации от 22 июля 2005 года №Пр-1178 о подготовке и внесении в Государственную Думу в возможно короткий срок проекта федерального закона, предусматривающего устранение противоречий, возникших в результате одновременного принятия ряда федеральных законов, вносящих изменения в порядок уплаты налога на добавленную стоимость.
В частности, Федеральным законом устраняется неточность в отношении определения контрактов, представляемых налогоплательщиками для подтверждения права на нулевую ставку налога на добавленную стоимость при поставках товаров в особые экономические зоны.
Кроме того, Федеральный закон уточняет порядок применения вычета по налогу на добавленную стоимость по капитальному строительству в отношении объектов, строительство которых началось до 1 января 2006г. Данное уточнение касается урегулирования вопроса о допустимости применения указанного вычета только в случае фактической уплаты налога на добавленную стоимость. Необходимость принятия Федерального закона вызвана возникшей неточностью в формулировке соответствующих норм и обусловлена задачами устранения возможности необоснованного возмещения сумм налога на добавленную стоимость в 2006 году. При этом в связи с задержкой внесения соответствующего проекта федерального закона данной норме была придана обратная сила, что дало основания для постановки вопроса о противоречии указанной нормы статье 5 Налогового кодекса Российской Федерации, регулирующей порядок вступления в силу актов законодательства Российской Федерации о налогах и сборах.