Перечень отличается от его действующей редакции как по форме, так и по содержанию.
В частности, наименования федеральных органов исполнительной власти, наделенных полномочиями по распоряжению сведениями, отнесенными к государственной тайне, приведены в соответствие с Указом Президента Российской Федерации от 20 мая 2004г., утвердившим их новую структуру.
Также уточнено распределение полномочий федеральных органов исполнительной власти по распоряжению сведениями отраслевой (ведомственной) принадлежности в рамках их компетенции с учетом распоряжения Президента Российской Федерации от 16 апреля 2005г. «О перечне должностных лиц органов государственной власти, наделяемых полномочиями по отнесению сведений к государственной тайне».
Перечень дополнен новыми понятиями, такими как «дислокация объекта», «объекты административного управления» и «объекты ядерного комплекса», а определение понятия «режимные объекты» изложено в новой редакции. Основным критерием включения новых понятий является неоднозначность их толкования представителями режимно-секретных органов в процессе непосредственного использования перечня на практике.
Кроме того, в перечне отдельные понятия приведены в соответствие с законодательством Российской Федерации (например, «военная техника», «режимные объекты»).