Отряд образован в 1932 году с местом дислокации основного гарнизона на берегах бухты Нагаева.
Участок пограничного отряда расположен на территории Магаданской области и части Хабаровского края. Структурно пограничный отряд состоит из семи пограничных застав, двух постов, двух подразделений пограничного контроля. В настоящее время завершается переход к комплектованию военнослужащими, проходящими военную службу по контракту.
Охрана государственной границы осуществляется во взаимодействии с бригадой пограничных сторожевых кораблей Северо-Восточного пограничного управления береговой охраны, отдельным авиационным полком ФСБ России, территориальными органами ФСБ и МВД России, государственными морскими инспекциями, и другими субъектами охраны морских биологических ресурсов.
В рамках приведения структуры пограничных органов к административно-территориальному делению страны завершается передача подразделений, дислоцированных на территории Хабаровского края, в состав пограничного управления по Хабаровскому краю и Еврейской автономной области.
В 2005 году пограничным отрядом возбуждено 7 уголовных дел в отношении капитанов судов, осуществляющих браконьерский промысел морских биологических ресурсов, изъято более 11 тонн икры и более 25 тонн рыб лососевых пород. В рамках производства дознания по уголовным делам на должностных лиц наложено штрафов на сумму 750 тыс. рублей, предъявлено исков по возмещению ущерба на сумму свыше 38 млн. рублей.
Подразделениями пограничного контроля было задержано 6 нарушителей режима государственной границы, 6 нарушителей режима в пунктах пропуска.