Федеральный закон принят во исполнение Указа Президента Российской Федерации от 9 марта 2004 г. №314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти», в соответствии с которым образованы федеральные службы – Федеральное казначейство и Федеральная служба финансово-бюджетного надзора. При этом с 1 января 2005 г. Федеральное казначейство образуется как самостоятельная федеральная служба, которой передаются правоприменительные функции Министерства финансов Российской Федерации по обеспечению исполнения федерального бюджета.
Федеральным законом уточнены полномочия Министерства финансов Российской Федерации, определяются полномочия Федерального казначейства по обеспечению исполнения федерального бюджета и специальные полномочия по отношению к бюджетам всех уровней, полномочия федеральных органов исполнительной власти в области применения мер принуждения за нарушения бюджетного законодательства.