Совет по взаимодействию с религиозными объединениями при Президенте Российской Федерации создан в соответствии с распоряжением Президента Российской Федерации от 2 августа 1995 г. № 367-рп. Согласно утвержденному Положению о нем является консультативным органом, осуществляющим предварительное рассмотрение вопросов и подготовку предложений для Президента Российской Федерации, касающихся взаимоотношений государства и религиозных объединений.
Со времени образования Совета его количественный и персональный состав неоднократно изменялся. По сложившейся традиции Совет возглавляет Руководитель Администрации Президента Российской Федерации.
Членами Совета являются главы Церквей и религиозные деятели, представляющие Русскую православную церковь, Русскую православную старообрядческую церковь, Армянскую апостольскую церковь, Римско-католическую церковь, а также мусульманские, буддистские, иудейские, протестантские религиозные организации. Кроме того, в состав Совета входят ряд светских ученых-религиоведов, а также представители Администрации Президента Российской Федерации.
Организационное обеспечение деятельности Совета осуществляется Управлением Президента Российской Федерации по внутренней политике.
При Совете могут создаваться рабочие группы для изучения отдельных проблем и сбора аналитической информации, подготовки заседаний Совета и контроля за реализацией его решений.
За истекший период проведено 12 заседаний Совета, на которых в общей сложности рассмотрено 35 вопросов по актуальным проблемам государственно-конфессиональных отношений, проведено 10 заседаний рабочих групп.
Значительное внимание в работе Совета уделялось вопросам совершенствования законодательства, устанавливающего и регулирующего правоотношения в сфере государственно-конфессиональных отношений, формирования единого правового поля для деятельности религиозных объединений.
Так, основополагающий Федеральный закон «О свободе совести и о религиозных объединениях» был принят и подписан Президентом Российской Федерации только после обсуждения его на заседании Совета.
По инициативе членов Совета был издан Указ Президента Российской Федерации «О подготовке к встрече третьего тысячелетия и празднованию 2000-летия христианства».
В соответствии с рекомендациями Совета был продлен на один год срок государственной перерегистрации религиозных организаций, издан Указ Президента Российской Федерации «О предоставлении священнослужителям отсрочки от призыва на военную службу».
На заседаниях Совета обсуждались вопросы о роли религиозных объединений в гармонизации межнациональных отношений, участии российских конфессий в оказании поддержки соотечественникам и русскоязычному населению в странах СНГ и Балтии.