Основополагающими правовыми документами Содружества Независимых Государств являются Соглашение о создании СНГ (8 декабря 1991 года, Минск), подписанное между Россией, Белоруссией и Украиной, и Протокол к этому Соглашению (21 декабря 1991 года, Алма-Ата), в соответствии с которым в состав Содружества вошли ещё восемь стран: Азербайджан, Армения, Казахстан, Киргизия, Молдавия, Таджикистан, Туркменистан и Узбекистан. В декабре 1993 года к Содружеству присоединилась Грузия.
22 января 1993 года главами государств был принят Устав Содружества, который подписали и ратифицировали все государства, кроме Туркменистана и Украины. В мае 1996 года Устав был зарегистрирован в Секретариате ООН в качестве международного соглашения. 19 января 1996 года были утверждены положения о флаге и эмблеме СНГ.
Высшие органы СНГ – Совет глав государств (СГГ) и Совет глав правительств (СГП). В полномочия Совета глав государств, в частности, входит решение принципиальных вопросов Содружества, связанных с общими интересами государств-участников, в том числе внесение поправок в Устав СНГ, создание новых или упразднение существующих органов Содружества. Совет глав правительств координирует сотрудничество органов исполнительной власти в экономической, социальной и иных сферах общих интересов.
Порядок работы СГГ и СГП, так же как СМИД и Экономсовета СНГ, организация и проведение их заседаний, подготовка и принятие документов определены новыми Правилами процедуры, утвержденными Решением СГГ от 7 октября 2002 года. Отдельными решениями установлено, что Совет глав правительств проводит четыре заседания, а Совет глав государств – два заседания в год.
Председательство в СГГ и СГП, как и в других уставных органах Содружества, осуществляется поочередно каждым государством-участником «на основе принципа ротации в порядке русского алфавита названий государств-участников, на срок не более одного года, если иное не будет установлено соответствующим Советом» (Правило 8-е Правил процедуры). Предшествующий и последующий председатели являются сопредседателями действующего Председателя.
Председатель СГГ – Президент Украины (с января 2003 года).
Председатель СГП – Премьер-министр Киргизии (с апреля 2003 года).
В целях координации деятельности стран Содружества во внешнеполитической сфере 24 сентября 1993 года учрежден Совет министров иностранных дел (СМИД), который проходит, как правило, накануне заседаний СГГ и СГП СНГ. В контексте совершенствования деятельности органов СНГ 2 апреля 1999 года утверждено новое Положение о СМИД.
Председатель СМИД – Министр иностранных дел Украины (с апреля 2003 года).
Ключевая роль в деле формирования единого экономического пространства государств – участников СНГ отводилась созданному в октябре 1994 года Межгосударственному экономическому комитету Экономического союза (МЭК), аппарат которого по новой схеме органов СНГ в реорганизованном виде вошел в состав Исполнительного комитета Содружества (Решение СГГ, 2 апреля 1999 года).
В целях обеспечения реализации решений СГГ и СГП по вопросам социально-экономического сотрудничества создан Экономический совет СНГ, положение о котором было принято решением СГГ 25 января 2000 года в Москве.
Учрежденный 6 июля 1992 года Экономический суд призван обеспечивать единообразное применение соглашений в рамках Содружества, выполнение экономических обязательств путем разрешения возникающих споров, давать толкование договорных актов СНГ и его институтов.
В качестве органа Совета глав государств по вопросам военной политики и военного строительства стран Содружества 14 февраля 1992 года учрежден Совет министров обороны (СМО).
Решением глав государств от 24 декабря 1993 года утверждено Положение о Штабе по координации военного сотрудничества (ШКВС) государств – участников Содружества (в его состав входят представители всех государств – участников СНГ, за исключением Украины и Молдавии). Место нахождения Штаба – Москва.
В целях усиления взаимодействия пограничных войск стран Содружества 6 июля 1992 года создан Совет командующих пограничными войсками (СКПВ), в состав которого входят представители всех государств – участников СНГ. Постоянным рабочим органом СКПВ является Координационная служба.
Для более тесной координации взаимодействия компетентных органов государств Содружества в борьбе с международным терроризмом и иными проявлениями экстремизма Решением СГГ 21 июня 2000 года был создан Антитеррористический центр СНГ (АТЦ), положение о котором было утверждено на заседании СГГ 1 декабря 2000 года. По решению СГТ от 7 октября 2002 года было создано отделение АТЦ по Центральноазиатскому региону в г. Бишкеке.
В интересах сближения национальных законодательств стран СНГ решением руководителей парламентов в Алма-Ате 27 марта 1992 года создана Межпарламентская ассамблея (МПА) государств – участников СНГ (штаб-квартира в Санкт-Петербурге). В апреле 1999 г. было оформлено членство Украины в МПА. Туркмения и Узбекистан не участвуют в работе Ассамблеи.
На основе подписанных в рамках СНГ документов созданы и функционируют другие органы Содружества – Совет министров внутренних дел, Совет руководителей таможенных служб, Координационный совет генеральных прокуроров, Совет руководителей органов безопасности и специальных служб, а также отраслевые советы и комитеты по отдельным направлениям сотрудничества. В настоящее время проводится работа по оптимизации структуры и повышению эффективности деятельности отраслевых органов Содружества (в соответствии с Решением СГТ от 7 октября 2002 года).
Постоянно действующим исполнительным, административным и координирующим органом является Исполнительный комитет СНГ во главе с Председателем – Исполнительным секретарем СНГ (Решение СГГ, 2 апреля 1999 года). Совет глав государств утвердил Положение об Исполкоме СНГ 21 июня 2000 года.
4 июля 2001 года между Правительством Российской Федерации и Исполнительным комитетом СНГ подписано Соглашение об условиях пребывания Отделения Исполкома Содружества на территории Российской Федерации (Москва).
На заседании Совета глав правительств 19 сентября 2003 года были утверждены параметры единого бюджета на 2004 год органов Содружества, финансируемых за счет бюджетных средств государств-участников, и определены долевые взносы каждого государства, в том числе на содержание органов Содружества и проведение заседаний СГГ, СГП, СМИД, Экономсовета СНГ (общая сумма – 251,7 миллионов рублей). Самый крупный донор – Российская Федерация (44,5 %); наименьшая доля у Туркменистана – 1,8 % .
В рамках оптимизации структуры и повышения эффективности деятельности СНГ решением СГГ от 7 октября 2002 года было установлено сокращение численности персонала органов СНГ.