В 2006 году Контрольным управлением осуществлялась проверка целевого расходования средств резервного фонда Президента.
Всего на контроле находилось 62 распоряжения главы государства за период 2003–2006годов. На исполнение указанных распоряжений выделено 1372,8 млн рублей.
Средства фонда были направлены, в частности, Росздраву – на поддержку учреждений социального обслуживания и здравоохранения (694,6 млн рублей), Рособразованию – для учреждений образования (260,8 млн рублей), Роскультуре – для детских образовательных учреждений культуры (186,7 млн рублей), органам исполнительной власти субъектов Федерации – для нужд учреждений здравоохранения, образования и культуры (230,7 млн рублей).
В целом финансовые средства резервного фонда, выделенные в 2003–2005 годах, осваивались эффективно и по назначению. За счет средств фонда закуплено медицинское оборудование на сумму 18,36 млн рублей, произведен капитальный ремонт зданий 37 школ и 22 учреждений социального обеспечения и здравоохранения, отреставрированы памятники истории и культуры в Вологде, Липецке, Чехове, Рыбинске, Кисловодске, Железногорске, Великом Новгороде, Костроме; издана монография «Мировые войны XX века».
По результатам контрольных мероприятий приняты решения о снятии с контроля 22 распоряжений Президента на сумму 289,4 млнрублей в связи с их выполнением, в том числе по распоряжениям 2003 года – на сумму 131,2 млн рублей, 2004 года – 72,2 млн рублей и 2005 года – 86 млн рублей.
Вместе с тем сроки исполнения по 16 распоряжениям за период 2004–2005 годов были продлены по ряду причин, в том числе в связи с установленными фактами нецелевого, неполного и неэффективного освоения выделенных средств.
В частности, в Республике Калмыкия по фактам финансовых нарушений в использовании средств, выделенных на приобретение медицинского оборудования для учреждений здравоохранения, прокуратурой возбуждено уголовное дело в отношении заместителя Министра здравоохранения республики.
Нарушения действующего законодательства в использовании средств фонда также имели место в Республике Тыва, в Саратовской, Томской, Оренбургской, Ивановской, Кировской, Тульской областях, в Корякском автономном округе.