В заключении отмечается, что проект федерального закона содержит ряд недостатков и анализ наиболее существенных из них дает основание сделать вывод о недостаточной проработке концепции законопроекта и преобладании в нем ведомственных интересов.
Детально определяя структуры органов управления на внутреннем водном транспорте, законопроект нарушает конституционные принципы разделения и самостоятельности властей (статья 10 Конституции Российской Федерации) и противоречит в части, касающейся этого вопроса, Федеральному конституционному закону «О Правительстве Российской Федерации».
Законопроект в значительной мере ориентирован на принятие правительственных и ведомственных актов, уходя тем самым от более детальной регламентации правоотношений на уровне законодательного акта. Он не отвечает потребности обеспечения стабильности правового регулирования в условиях рыночной экономики. Положения законопроекта противоречат целому ряду законодательных актов Российской Федерации.
И. о. Президента считает, что законопроект нуждается в серьезной доработке.
Проект федерального закона «Кодекс внутреннего водного транспорта Российской Федерации» принят Государственной Думой в первом чтении 3 декабря 1999 года.