Договор подписан в Москве 16 апреля 1999г.
В сопроводительном письме Председателю Государственной Думы Геннадию Селезневу, в частности, отмечается, что «Договор укрепляет правовую основу пребывания на территории Республики Таджикистан российской военной базы и направлен на повышение правовой защищенности военнослужащих Российской Федерации, проходящих службу в составе базы, и членов их семей. Договор отвечает интересам Российской Федерации».
Статс-секретарь – первый заместитель Министра обороны Николай Михайлов, первый заместитель начальника Главного оперативного управления Генштаба ВС РФ генерал-лейтенант Александр Рукшин и заместитель начальника ракетных войск и артиллерии ВС РФ генерал-лейтенант Николай Мухин назначены представителями исполняющего обязанности Президента при рассмотрении палатами Федерального Собрания вопроса о ратификации Договора. Соответствующее распоряжение подписал Владимир Путин.