Закон был принят Государственной Думой 17 ноября 1999г. и одобрен Советом Федерации 23 декабря 1999г.
В письмах на имя Председателя Совета Федерации Егора Строева и Председателя Государственной Думы Геннадия Селезнева и. о. главы государства заметил, что Федеральный закон не имеет собственного предмета правового регулирования, так как значительная часть содержащихся в нем норм уже урегулирована Конституцией, федеральными законами «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации», «Об общественных объединениях» и другими нормативно-правовыми актами.
Кроме того, по мнению В.Путина, ряд положений Федерального закона противоречит требованиям Конституции о недопустимости вмешательства федеральных органов государственной власти в компетенцию субъектов Российской Федерации.