Комитет был образован указом Президента от 11 марта 2003 года на базе упраздненной налоговой полиции и профильных подразделений МВД.
Виктор Черкесов доложил Владимиру Путину, что одновременно с решением организационных вопросов, связанных с созданием нового ведомства, уделяется внимание сохранению имеющегося потенциала правоохранительных органов по линии борьбы с налоговыми преступлениями.
Глава ведомства также проинформировал Президента о необходимости выработки мер по скорейшему перепрофилированию сотрудников Федеральной службы налоговой полиции для решения задач в сфере борьбы с наркобизнесом.