Военная база создана на основе 201-й мотострелковой дивизии в октябре 2005 года. В её состав входят три мотострелковых полка, части боевого, технического и тылового обеспечения. Части и подразделения базы расположены в трёх гарнизонах (Душанбе, Куляб и Курган-Тюбе), восьми военных городках.
В Республике Таджикистан 201-я военная база находится на основании Договора о коллективной безопасности 1992 года, Договора о дружбе, сотрудничестве и взаимной помощи 1993 года. Кроме того, в апреле 1999 года был подписан специальный Договор о статусе и условиях пребывания российской военной базы на таджикской территории. 16 октября 2004 года Российская Федерация и Республика Таджикистан заключили межправительственное соглашение о составе и организационно-штатной структуре базы.