И в дореволюционной России, и в советский период традиционно глава государства был Верховным Главнокомандующим Вооружёнными Силами. В современной России Президент также обладает полномочиями по руководству Вооружёнными Силами. В мирное время глава государства осуществляет общее политическое руководство Вооружёнными Силами, а в военное время руководит обороной государства и его Вооружёнными Силами по отражению агрессии. Полномочия Президента Российской Федерации как Верховного Главнокомандующего изложены в Федеральном законе «Об обороне» (статьи 4 и 13).
Осуществляя политическое руководство Вооружёнными Силами, Президент в качестве Верховного Главнокомандующего утверждает Военную доктрину России, концепцию и планы строительства Вооружённых Сил, мобилизационный план Вооружённых Сил, мобилизационные планы экономики, план гражданской обороны и другие акты в сфере военного строительства. Глава государства утверждает также общевойсковые уставы, положения о Министерстве обороны и Генеральном штабе. Министр обороны и Начальник Генерального штаба подчинены Президенту непосредственно. Президент ежегодно издаёт указы о призыве на военную службу, об увольнении в запас лиц определённых возрастов, отслуживших в армии, подписывает международные договоры о совместной обороне и военном сотрудничестве.
Конституция наделяет Президента исключительным правом введения военного положения. Правовой режим военного положения определяется Федеральным конституционным законом от 30 января 2002 года «О военном положении». Утверждение Указа Президента о введении военного положения отнесено Конституцией к ведению Совета Федерации. Если Совет Федерации не утвердит такой Указ Президента, то его действие прекращается со следующего дня после принятия такого решения Советом Федерации. Во исполнение международных обязательств Российской Федерации о введении военного положения Президент уведомляет Генерального секретаря ООН и информирует Генерального секретаря Совета Европы об отступлении Российской Федерации от своих обязательств по международным договорам, связанном с временным ограничением прав и свобод российских граждан.